Le lycée militaire d'Aix-en-Provence est placé sous le commandement d'un colonel. Il est aidé dans sa mission par un proviseur qui s'occupe plus spécifiquement de la gestion pédagogique de l'établissement.

Les élèves du lycée militaire n'ont en aucun cas un statut de militaire.

Ils sont répartis en compagnies, selon leurs niveaux d'étude. Chaque compagnie est commandée par un officier (appelé commandant de companie).

• 5 ème compagnie : classes de seconde

• 4ème compagnie: classes de première

• 3ème compagnie: classes de terminale

• 2ème compagnie : classes de CPGE 1ère année

• 1ère compagnie : classes de CPGE 2ème année

(Données 2009-2010 au 16/10/2009)

Une section correspond à une classe. Chaque section est placée sous le commandement d'un sous-officier (appelé chef de section)

• 5ème Cie: S1,S2,S3,S4, S5 et S6

• 4ème Cie: PL, PES1, PES2, PS1,PS2 et PS3

• 3ème Cie: TL, TES, TS1, TS2 et TS3

• 2ème Cie: LET1, ECO1, MPSI1, MPSI2, PCSI

• 1ère Cie: LET2, ECO2, MP, PC, PSI

Une classe préparatoires aux études supérieures (CPES) a été ouverte en 2008-2009. Son effectif (2009-2010) est de 19 élèves.

Les professeurs sont des professeurs de l'Education Nationale, détachés par contrat au sein du Ministère de la Défense. Un seul professeur d'E.P.S. est un professeur de l'Education Nationale, les autres sont des sous-officiers moniteurs de sport.

Les enseignements sont régis par les décrets officiels de l'Education Nationale. La formation est donc strictement identique à celle d'un lycée de l'Education Nationale.